RDKit.md

本篇筆記整理 RDKit 的常用功能，並透過與 PubChem 結合，展示如何查詢結構式、產生分子圖像與取得 SMILES/InChI 等資訊。

1. 安裝所需套件

pip install rdkit-pypi pubchempy

注意：rdkit 建議於 conda 環境中安裝以避免相依問題。

conda install -c rdkit rdkit

2. 透過 PubChem 查詢化合物並取得 RDKit 分子物件

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw

# 幾個常見分子的 SMILES
mol = Chem.MolFromSmiles('CCO')          # ethanol

Draw.MolToImage(mol)

3. 範例：查詢「caffeine」

mol, smiles, inchi = get_rdkit_mol_from_name("caffeine")
print("SMILES:", smiles)
print("InChI:", inchi)
Draw.MolToImage(mol).show()

4. 常見 RDKit 操作

  • Chem.MolFromSmiles(smiles)：從 SMILES 建立分子

  • AllChem.Compute2DCoords(mol)：計算 2D 座標

  • Draw.MolToImage(mol)：輸出 PIL 圖像

  • Chem.MolToInchi(mol)：轉換為 InChI

5. 延伸應用

  • 計算分子指紋與相似度

  • 產生分子 3D 構型（AllChem.EmbedMolecule）

  • 與機器學習模型結合（分子屬性預測）

如需查詢更多化合物，可搭配 pubchempy 使用 cid, name, formula 等欄位靈活檢索。

pcp.get_compounds("aspirin", namespace="name")
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