BED Format
BED（Browser Extensible Data）格式是由 UCSC Genome Browser 所設計的一種文字型區間檔案格式，廣泛應用於基因體學研究中，用於描述基因組上的特定區間（intervals），如基因位置、外顯子、突變區域或功能標記。其特點是結構簡單、可讀性高，並能被多種分析工具（如 BEDtools、IGV）直接使用。
一、BED 與 BAM/SAM 的比較
SAM
純文字格式
高
較低
序列對齊檔案檢視與除錯
BAM
二進位格式
低（需工具讀取）
高
序列對齊結果儲存與分析
BED
純文字格式
高
高
基因組區間描述與操作
二、BED 檔案結構
BED 檔案最基本由 三個欄位（BED3） 組成：
chrom：染色體名稱（如
chr1、chrX）chromStart：起始位置（0-based，包含）
chromEnd：結束位置（不包含）
範例：
chr1 1000 5000
chr2 2000 6000此外，BED 格式最多可以擴展至 12 個欄位（BED12），常見欄位包括：
name：區間名稱（如基因名稱）
score：分數（0–1000，用於顯示強度或權重）
strand：正負股（
+或-）thickStart/thickEnd：加粗顯示區間（常用於標示 CDS）
itemRgb：顏色設定
blockCount、blockSizes、blockStarts：描述外顯子區段
三、常見應用工具
BEDtools：區間交集、合併、覆蓋率計算、隨機抽樣
UCSC Genome Browser：可直接讀取 BED 作為 track 顯示
IGV：可視化基因組區間註解
四、BED 的優勢與注意事項
優勢：
簡單直觀，容易建立與修改
純文字格式，與多數工具高度相容
適合快速描述與運算基因組區間
注意事項：
chromStart為 0-based，而chromEnd為 1-based（不包含），需特別留意一般不包含表頭（header）
若資料量大，建議壓縮（
.bed.gz）並建立索引（如tabix）
BED 是基因體學研究中最常用的區間檔案格式之一，其靈活性與高相容性，使其成為基因組註解、變異標記與區間操作的標準選擇。
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