如何執行 Nextflow 與常用參數說明

Nextflow 是一個針對生物資訊與資料分析工作流程設計的工作流程語言，透過以下步驟與參數說明，可以有效執行與掌控流程行為。

---

✅ 基本執行指令

nextflow run <workflow.nf> [options]

或

nextflow run <github-repo> [-r <revision>] [options]

範例：

nextflow run main.nf -profile docker --input data/sample.csv --outdir results

---

🔹 常用參數總覽

類型	參數	說明
Pipeline	<script.nf> / <repo>	本地 .nf 檔案或 GitHub repo，如 nf-core/rnaseq
Profile	-profile <name>	使用不同的配置檔，如 docker, singularity, slurm
修復/重跑	-resume	繼續先前未完成流程，使用 cache
修訂版	-r <version>	指定 pipeline 的 Git 版本或 tag，例如 -r 3.9
Config	-c <config file>	指定額外 config 設定檔
Params	--param <value>	自訂流程參數，例如 --genome GRCh38
Params 檔	-params-file <yaml/json>	使用 YAML/JSON 格式傳入大量參數
輸出路徑	--outdir <path>	指定輸出結果資料夾
後台執行	-bg	背景執行流程
Dry run	-n 或 -dry-run	模擬流程，不實際執行命令（可搭配 -preview）
工作路徑	-work-dir <path>	自訂中間檔存放目錄（預設為 ./work）
顯示控制	-ansi-log false	關閉彩色 log（適用於無支援 ANSI 終端）

---

🔹 常見執行情境

✅ 執行本地流程（使用 docker profile）：

nextflow run main.nf -profile docker --input samples.csv --fasta hg38.fa --outdir results

✅ 執行 nf-core 流程（使用 Singularity 且指定版本）：

nextflow run nf-core/rnaseq -profile singularity -r 3.13 --input samplesheet.csv --genome GRCh38

✅ 使用 YAML 傳入參數：

nextflow run main.nf -profile docker -params-file params.yaml

# params.yaml 範例
input: "data/sheet.csv"
outdir: "results"
genome: "GRCh37"

✅ 指定額外 config（如 SLURM 設定）：

nextflow run main.nf -c conf/slurm.config -profile slurm

✅ 重跑未完成流程：

nextflow run main.nf -resume

---

🧪 查看流程版本與資源記錄

nextflow log              # 查看所有歷史流程紀錄
nextflow log <run-name>  # 查看特定流程細節

---

📌 小技巧

• 可用 nextflow config 查看當前 config 設定細節。

• 使用 NXF_OPTS 限制記憶體：

export NXF_OPTS="-Xms1g -Xmx4g"

• 配合 screen 或 tmux 可避免中斷。

• 常與 GitHub Actions 或 SLURM 結合做 CI/CD 與平行分析。

---

如需更多範例，可參考官方文件：https://www.nextflow.io/docs/latest/ 。