常見的 Nextflow 專案文件分配架構

以下為一個典型的 Nextflow 專案結構，適用於模組化、可重複使用與 CI/CD 管理：

my-nextflow-pipeline/
├── main.nf                    # Pipeline 主要流程
├── nextflow.config            # 全域與 profile 設定
├── params.yaml                # 使用者參數預設檔案（建議用於 reproducibility）
├── README.md                  # 專案說明文件
├── LICENSE                    # 授權條款（如 MIT）
├── .gitignore                 # Git 忽略項目
│
├── conf/                      # 自訂 config profiles
│   ├── base.config
│   ├── docker.config
│   └── slurm.config
│
├── workflows/                 # 主流程拆分區塊（常見於 DSL2）
│   └── my_workflow.nf
│
├── modules/                   # 模組化 process，每一工具/步驟一個
│   └── my_tool/
│       └── main.nf
│
├── subworkflows/              # 子流程（可重複使用的子邏輯）
│   └── my_subworkflow.nf
│
├── assets/                    # 補充資源（如 BED, GTF, 範例參考）
│   └── reference.bed
│
├── data/                      # 測試用資料或樣本範例
│   └── test_samplesheet.csv
│
├── bin/                       # 自訂 script（bash, python 等）
│   └── helper.sh
│
├── .github/                   # GitHub Actions CI 設定（選用）
│   └── workflows/
│       └── test.yml
│
└── docs/                      # 文件或報告（可用於 GitHub Pages）
    └── index.md

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✅ 建議事項

• 使用 DSL2 模組化結構（modules/, workflows/, subworkflows/）有助於維護與重複使用。

• params.yaml 提供參數版本控管，可搭配 -params-file 使用。

• 配置檔放在 conf/，配合 -profile 切換環境（如 docker/singularity/slurm）。

• data/ 夾建議只放測試用資料，不包含大型真實輸入。

• bin/ 適合放自訂外部工具腳本（會自動加到 $PATH）。

如需更進階的模板，可參考 nf-core template。