config.md

nextflow.config 是 Nextflow workflow 的核心設定檔，用來管理全域參數、流程資源限制、執行後端（executor）、container 選項等。良好的 config 設計能提升 pipeline 的重現性、彈性與可維護性。

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🔹 基本結構與語法

params {
  input = 'data/samples.csv'
  outdir = 'results'
  threads = 4
}

process {
  cpus = 2
  memory = '4 GB'
  time = '2h'
}

docker {
  enabled = true
}

• params：定義 pipeline 參數，供 workflow 或 module 使用。

• process：定義流程的預設資源限制。

• docker/singularity：指定 container 執行設定。

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🔹 Executor 執行後端選項

Nextflow 支援多種執行環境（executor）：

Executor	描述
local	預設，使用本機執行流程
slurm	適用於 SLURM HPC 系統
pbs / sge	適用於 PBS / Sun Grid Engine
lsf	IBM LSF 系統
ignite	分散式叢集執行（實驗性）
awsbatch	AWS Batch 雲端執行
google-lifesciences	Google Cloud Life Sciences 執行
k8s	Kubernetes 容器化環境

process.executor = 'slurm'
process.queue = 'batch'

• 可用 -profile 自訂不同環境設定（見下）。

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🔹 多重 profile 切換

可依執行環境建立多組設定，用 -profile 指定。

profiles {
  local {
    process.executor = 'local'
  }
  docker {
    docker.enabled = true
    process.executor = 'local'
  }
  slurm {
    process.executor = 'slurm'
    singularity.enabled = true
  }
}

執行時切換：

nextflow run main.nf -profile slurm

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🔹 模組化設定與外部 include

可透過 includeConfig 載入外部設定檔：

includeConfig 'conf/genome.config'

• 適合將大型設定拆分成不同檔案。

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🔹 使用 YAML 作為參數輸入

1. 建立 params.yaml：

input: "data/samples.csv"
outdir: "results"
threads: 4
genome: "GRCh38"

1. 執行 workflow 並指定檔案：

nextflow run main.nf -params-file params.yaml

1. 在 workflow 中直接使用：

params.input     // => "data/samples.csv"
params.genome    // => "GRCh38"

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🔹 指定流程資源設定與選擇器（selector）

可針對個別流程名稱自訂資源：

process {
  withName: fastqc {
    cpus = 4
    memory = '8 GB'
  }
  withName: 'bwa*' {
    cpus = 8
    time = '6h'
  }
  withName: /.*trim.*/ {
    cpus = 2
    memory = '3 GB'
  }
}

• 支援文字、萬用字元、正規表示式作為條件。

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🔹 動態資源分配（Dynamic assignment）

流程內可使用 params 或 task.attempt 進行動態設定：

process ALIGN {
  cpus = params.threads
  memory = { 2.GB * task.attempt }
  time = { task.attempt <= 2 ? '2h' : '4h' }
}

• 可根據執行次數動態增加資源。

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🔹 錯誤策略與容錯控制

可設定流程的錯誤處理行為：

process {
  errorStrategy = 'retry'
  maxRetries = 3
  maxErrors = 10
}

• errorStrategy 可為：retry, finish, ignore, terminate

• maxRetries：流程最多可重跑次數。

• maxErrors：所有流程最大錯誤數。

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🔹 實用功能與補充

• queueSize：同時執行的流程數量限制（對 executor 有效）

• scratch：指定暫存目錄（部分 cluster 支援）

• cache：控制 process cache 行為（開關、路徑）

• singularity.enabled = true：Singularity container 支援

• wave.enabled = true：支援 Wave container service

• dag.file = 'dag.png'：輸出流程圖

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良好撰寫的 nextflow.config 能使你的 pipeline 在本機、HPC 或雲端間無縫切換，並方便團隊協作與部署。建議搭配 profile 與 YAML 管理參數以強化模組化與重現性。