CSV.md

在 Nextflow 中，可以通過 Channel.fromPath 搭配 splitCsv() 與 map 方法來讀取與處理 .csv 檔案內容。

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🔹 讀取 CSV 檔案

使用 fromPath 搭配 splitCsv() 將 CSV 拆分為結構化資料：

Channel.fromPath('samplesheet.csv')
       .splitCsv(header: true)
       .view()

• header: true 表示第一列為欄位名稱。

• 輸出為 Map，欄位名稱作為 key。

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🔹 搭配 map 處理資料

可對每一筆 row 資料進行轉換或提取特定欄位：

Channel.fromPath('samplesheet.csv')
       .splitCsv(header: true)
       .map { row -> tuple(row.sample_id, file(row.fastq)) }
       .set { sample_ch }

• row 為每筆資料（Map 結構），例如 row.sample_id、row.fastq。

• tuple(...) 用於輸出成對資料給 process 使用。

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🔹 於 Process 中使用

process qc {
  input:
  tuple val(sample_id), path(reads)

  script:
  """
  echo Running QC for $sample_id with $reads
  """
}

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此方法常用於從 metadata 表或樣本表中讀取參數，方便 batch 處理與流程動態化設計。