params.md

在 Nextflow workflow 中，params 是用來定義與接收使用者傳入的參數機制。這些參數可以在 workflow 腳本中設定預設值，或在執行時透過命令列動態指定。

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🔹 在 main.nf 中定義參數

params.input = "data/sample.csv"
params.outdir = "results"
params.threads = 4

在流程中可透過 params.<key> 使用：

process EXAMPLE {
  input:
    path sample_file from file(params.input)

  output:
    path "*.txt" into result_files

  script:
  """
  cp $sample_file output.txt
  """
}

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🔹 執行時使用命令列覆蓋 params

nextflow run main.nf --input new_input.csv --outdir output_dir --threads 8

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🔹 在 nextflow.config 中設定預設值

params {
  input = "data/default.csv"
  outdir = "results"
  threads = 4
  name = "User"
}

這些值會被命令列參數覆蓋。

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🔹 使用三元運算設定預設值

可依據條件決定要使用預設值或外部指定：

// 若 params.name 有值，使用它；否則使用 'Nextflow'
def names_ch = params.name ? Channel.of(params.name) : Channel.of('Nextflow')

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🔹 結合 YAML 檔傳入參數

Nextflow 支援從外部 YAML 載入參數：

📄 params.yaml

input: "data/sample.csv"
outdir: "results"
threads: 8

執行方式：

nextflow run main.nf -params-file params.yaml

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🔹 檢查與除錯 params

在 workflow 或流程中直接列印參數：

echo "Input file: ${params.input}"
echo "Output dir: ${params.outdir}"

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🔹 常見使用場景

場景	範例
指定輸入資料	--input data/sample1.csv
設定輸出目錄	--outdir output/
控制執行緒數量	--threads 8
選擇分析基因組版本	--genome GRCh38
指定模式或行為控制值	--mode full（可配合 params.mode 判斷）

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良好地使用 params 有助於讓 workflow 更具彈性與可重複性，便於跨平台部署與多人合作，亦是模組化與可參數化設計的基礎。